【討論主題】: Scientific methods - Paper 的整理
       Excessive trust in authorities and its influence on experimental design
【主題類別】:13.其他:Science method 方法
(1.生化/分子生物 2.細胞/組織/器官 3.神經/行為 4.遺傳/發育/分化 5.農業/養殖/食
 品/營養/中草藥 6.醫藥/疾病/免疫/生理 7.模式生物/基因學 8.動物/植物/微生物/
  分類學 9.演化/生態/環保/考古 10.結構/計算生物學 11.生物醫學材料/生物醫學工
  程 12.生物資訊/系統生物學 13.其他 <主要參考:kkcity 的精華區>)
【資料類別】:口述...孫同天老師的演講
(書本、期刊、網站、專利、報紙、新聞、口述、雜誌、觀察......)
【參考資料】:口述 + 孫老師著作收集
 Sun TT. 2004. Excessive trust in authorities and its influence on
               experimental design. Nat Rev Mol Cell Bio 5(7):577-81.
(書本章節名、期刊名、網址、專利編號、報紙標題、新聞標題、口述、雜誌主題、觀察
 現象描述......)
【資料附件】:http://0rz.tw/a43cf
(上傳利用系統:http://file.chemistry.pu.edu.tw/ 靜宜應化臨時大檔案傳送系統)
(縮址請用:http://0rz.tw/
【摘要描述】:這篇是說:
      Most graduate curricula in biological sciences offer courses that cover
various scientific disciplines, but they give relatively little formal
instruction in experimental design. Students learn the latter primarily
through hands-on experience in the laboratory, and some find this learning
process bewildering and frustrating. So, what is the root of the problem, and
how can young researchers get experiments to work more predictably and
reproducibly?
貼自於那篇,他發表的文章,而關於Paper 的整理筆記阿,我引用之前vixen之前發表過
有關於實驗紀錄軟體的文章,我目前將孫老師的這套導入進來,結合 Endnote 做搭配
之前他有提過的問題,我又再次引用放在底下,vixen 老大是使用此來作實驗記錄整理整
理,他當初提出了幾個觀點:
想要找個可行的方案, 讓三五年後的我, 仍然可以精確搜尋到每一筆紀錄. 我需要:
0. 忠實可靠紀錄儲存各類媒體資料與文件.
1. 個人可以馬上使用的軟體. 那種給公司的ELN解決方案太遙不可及了, waters等等
2. 可保護資料(如密碼), 要可以多方搜尋
3. 可自行備份/還原, 可分享
4. 可以連線, 上網, 最好能夠跨平台 (比方在別家實驗室想要連線去自家看一下紀錄)
這跟 Paper note 是有相等的需求,他那時候也提出了幾個軟體,並初步了分析一下:
可以想見能符合的軟體/服務不會太多, 他搜尋了一下, 目前候選者如下:
1. Google notebook http://www.google.com/notebook/     這個太陽春了
2. Microsoft OneNote  (好貴. 封閉, 而且被MS系列婊到資料掛掉不只一次了, 很怕)
3. 美國DOE解決方案  http://www.csm.ornl.gov/enote/ 4. http://collaboratory.emsl.pnl.gov/software/eln/  跟上面的很相同
5. http://www.opensourceeln.org   Open Source ELN, 沒用過
6. Neurosys http://neurosys.cns.montana.edu/  介面很硬
7. http://cosmodb.sourceforge.jp/en/  CosmoDB, 我很中意但是找不到備份法.
8. http://docs.google.com/?pli=1 友板板友推薦
由於我的英文不太好,裡面我可以很流暢的操作就只有不怎麼讓人喜愛的微軟系列
Microsoft OneNote
我目前使用方式:
1.我會依照不同的主題建置資料檔
2.這裡面分別有 onenote2個檔案 和 endnote 1個檔案,還有幾個資料夾檔(待會介紹)
3.當然我ㄧ直都有個很處女座的爛習慣會在檔案前加數字讓他們按照我喜歡順序排排站,
  不然我會在電腦前很憂鬱不舒服......
4.onenote的兩個檔案分別為:第ㄧ就是針對孫老師所說的大多數人的paper 整理 ㄧ張
  note 對應著一篇Paper 裡面我會寫著:Paper主題、我的引用、摘要、內容介紹、
  結論、重點(這邊的重點當然是我認為的重點...說不定什麼都不是~囧);
  第二就是針對孫老師所提的,同性質的放在一起做探討的整理筆記,我同性質的東西
  都會丟在同一個主題建置資料夾,不過相對的,同ㄧ篇 Paper 它會出現在不同主題的
  資料夾內,而這個 onenote檔的建置 第ㄧ個就是分類:主題-次主題-次次主題-次次
  次主題,例如我在看幾丁質,當然這之中有ㄧ堆次主題,然後到我最近探討到:
  幾丁質-去乙醯化程度-高效能液像層析(HPLC)法-(諸如計算探討/紫外光波長探討/樣品
  測定影響因素探討......類似此種方法做note的討論皆著底下就如孫院士所說的:
  Paper作者xxx 年代xxxx年 show that xxxxxxxxxxxxxxxx自己很白癡寫的話
  累積了兩篇~~~再用不同的顏色寫自己 笨的要死的結論...如(不過我都寫不怎麼營養)
  這邊是onenote方面的使用
5.接著是 endnote 就是每篇相關的都用此列出,包刮中英文的期刊、書本、參考資料、
  論文,每篇都連接著PDF檔可以直接看原文,找不到電子檔的,只有紙本的也掃瞄收錄
6.資料夾檔有:(檔案名稱分類)
(1).標準作業流程:關於此一主題相關實驗的標準作業流程(裡面也用不同資料夾收集)
                  這當中包含實驗紀錄、實驗數據、參考資料等等.......裡面亦有
                  Endnote 和 onenote的整理、試算工具,哪天心血來潮補上......
(2).PDF:放相關的所有PDF檔,包含期刊、論文、專利.......Endnote PDF連接也從此
(3).我的最愛:相關網站備份,開啟直接連到該網頁
(4).Power point:收集到的相關簡報檔
(5).Word:收集到的文字檔;等等有關文字的收集
(6).Excel:相關試算表
(7).PDF備:網上找到,沒有跟 ENDNOTE 連接的PDF檔
(8).Pic:相關以及所需利用到的圖檔,(旁邊打有關於此部分的論文的圖都是從此插入)
(9).Others:如使用SAS處理、chemoffice畫圖、OriginLab的相關處理檔案都放此
(無編碼).paper.Data:這是 Endnote 自動產生,不給予數字編碼自己會沉到最下面
7.除了onenote2個檔案 和 endnote 1個檔案,還有幾個資料夾檔之外,其中最重要的就
  是我用 word 定義檔名為 note 就會對這一系列相關主題做整理,該插圖的插圖,
  該引用 paper 的引用 paper.
8.以上是我目前大概整理的方式.......
【探討問題】:1.目前備份方式就是多放幾個硬碟避免意外,不過endnote 比較麻煩一點
                就是當他ㄧ搬家移動位子,就會跑掉,這點讓我非常難過。
              2.其實其他軟體也應該不錯使用,可以請板友們也寫寫使用心得,以及相
                關運用給大家參考,或者提供有關教學方面的資訊跟大家分享。
              3.對於可以連線, 上網, 最好能夠跨平台,我這邊目前使用的就是微軟的
                遠端連線 + 開 WEB分享,不過都是我自己用,WEB分享如果要分享給其
                他人就是靠權限管理,但是總覺得好麻煩,此方法也不易複製給大家使
                用,況且像 ENDNOTE 和 ONENOT 跨平台的問題......遠端連線也關係著
                連線速度
              4.我用的程式並不是每台電腦開開來就可以用,像到圖書館,我要找到特
                定電腦,ㄧ樓後方小房間的電腦才可以支援我的遠端連線,看的到我需
                要什麼書,不然我沒帶NB就死定了,而且NB這樣開,安全性問題也很讓
                我擔心,可是用我家桌機(桌機掛掉一陣子,這陣子看到電腦就討厭...
                懶的修理)又因為頻寬因素沒這麼順...
               5.根據以上幾點,除了自己的分享,也請大家發表意見以及分享討論
(可依序編號1、2、3、4、5、6......)
【個人推論】:略
(可依序編號1、2、3、4、5、6......)
【其他想說】:最近發了不少P幣,PO文跟大家討論,順便賺一些回來,不過 PCMAN 最近
              心情不太好,我打字打太快它會給我當掉,我打這篇當掉了3次,藉著剛
              聽完孫老師的演講,也請大家多多分享整理 Paper 的方法,謝謝。
 
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